La capitulation de Grenade en 1492 garantissait aux battus la liberté de culte musulman. Les mudéjars (musulmans restés en Espagne après la Reconquiste. Mudaijan : domestiqué) cohabitaient avec les chrétiens depuis le XIe siècle, en respectant leurs coutumes, maisons et travail en échange d’impôt. C’est alors que les abus des colons chrétiens apparaissent, finissant avec une révolte à Nijar en 1501, asservissant et vendant tous ses habitants.

La loie pragmatique de 1502 obligeait les mudéjars à renier de leur religion ou c’était l’exil. Ceux qui restèrent, bien que s’accrochant à leur foi et coutumes, s’appelaient morisques (nouveau chrétien). Nijar connue une difficile étape de cohabitation (1502-1568) : les « vieux chrétiens » apprirent les tecniques agricoles d’arrosage des maures, la culture du mûrier noir et du mûrier blanc pour l’élaboration artesanale de la soie ; la charpenterie, la manipulation de l’alfa (esparto), la céramique et aussi l’activité des bergers de chèvres, l’élaboration de la laine et le paturage depuis la sierra jusqu’aux plaines de la côtes.
On commence à construir l’église à trois nefs, profitant de la dimension de la tour forteresse de l’ancienne mosquée : chevet avec arc brisé en tiers-point et cour, murs blanchits à la chaux et plafonds à caissons de grande beauté.
L’église de Huebro avait les mêmes caractéristiques. Lucainena, Turrillas, Nijar, Inox, Tarbal et L Matanza furent les principaux centres urbains jusqu’au soulèvement maure de 1568 et l’expulsion définitive en 1570.
Pendant les révoltes de Noël en 1568, les familles maures de toute la région de Nijar se réfugièrent dans le Castillo del Peñon d’Inox, en attendant d’embarquer pour l’Afrique. Les chrétiens ayant été avisé, arrivèrent avec une armée de mercenaires saccageurs venus de toute la péninsule, qui envahirent la coline et capturèrent 3.000 esclaves entre femmes et enfants.
Après cette guerre, la population d’Almeria s’était réduite à 7.000 habitants. En 1571, Nijar avait une population maure dispersée, cachée dans les sierras. Sauf celle-ci, tous les villages depuis Almeria jusqu’à Mojacar étaient abandonnés (1574). Le repeuplement se fit peu à peu de familles venues de Cazorla, la côte du Levante, Castille, Aragon et Extremadure, un total de 170 personnes (45 étaitents des soldats). Le repeuplement fracasa et seulement après cent ans, la région retrouva la population de l’époque maure.
Le XVIIe siècle commençait, le siècle sombre de Nijar.