Die Kapitulation von Granada im Jahr 1492 garantierte den Besiegten die Ausübung ihrer islamischen Kultur. Die Mudejaren lebten mit den Christen seit dem 11. Jhdt. Zusammen, sie respektierten gegenseitig ihre Traditionen, ihre häuslichen Sitten und ihre Arbeit. Nun gab es Übergriffe der christlichen Kolonisten, die mit einer Revolte in Nijar im Jahr 1501 anfingen, die ihre Einwohner versklavten und verkauften.

Das pragmatische Gesetz von 1502 zwang die Mudejaren, ihrer Relegion abzuschwören oder ins Exil zu gehen. Diejenigen, die sich darauf einließen, auch wenn sie an ihrem Glauben und ihren Traditionen festhielten, nannte man Morisken (neue Christen). Nijar erlebte nun eine schwierige Zeit des Zusammenlebens (1502-1568): die „alten Christen“ beherrschten die teschniken in der Landwirtschaft von den Morisken, die Kultivierung der Moral und das Wissen über Kunsthandwerkliche Arbeiten und Seidenstoffe.
Man baute eine Kirche mit 3 Schiffen, in Anlehnung and die den Wehrturm der alten Moschee: weit überspannende Bögen, gekälkte Mauern, kunstvolle Dächer von außergewöhnlicher Schönheit.
Die Kirche von Huebro war zeigte ähnliche Charakteristika. Lucainena, Turrillas, Nijar, Inox, Tarbal und la Matanza waren die ersten bewohnten Orte bis zur maurischen Ausweisung von 1568 und ihrer endgültigen Vertreibung im Jahr 1570.
Während der Revolten von 1568 flüchteten sich die Familien der Morisken aus der gesamten Gemeinde Nijar in die Burgen von Peñón de Inox, wo sie auf die Ausschiffung nach Afrika warteten. Die Christen, die davon Kenntnis hatten, nahmen den Felsen ein und versklavten 3000 Frauen und Kinder.
Nach diesem Krieg zählte die Bevölkerung von Almeria nur noch 7000 Einwohner. In 1571 war Nijar eine in der Zeit verschwundene maurische Siedlung, alle Dörfer waren verlassen von Almeria bis nach Mojacar (1574). Dann kamen im Zuge der Wiederbesiedlung Menschen aus Cazorla, Levantiner, Kastillianer, Aragonesen insgesamt 170 Personen, von denen 45 Soldaten waren. Die Wiederbesiedlung ging schleppend voran und es dauerte mehr als 10 Jahre, dass das Gebiet wieder wie zu Zeiten der Morisken besiedelt war.
Nun fing das 17. Jhdt. an, das dunkle Jahrhundert von Nijar.